《也谈麹氏高昌之郡望》，《西域研究》2001年第3期，第53～63页
《吐鲁番所出< 高昌书仪>刍议》，《西域研究》2005年第2期，第34～38页；原以《< 高昌书仪>初探》为题刊《吐鲁番学研究》2004年第1期，第95～100页
《明洪武朝哈密研究二题》，《新疆师范大学学报》2006年第1期，第120～127页
《明代土鲁番地面兴起考述》，《吐鲁番学研究——第二界吐鲁番学国际学术研讨会论文集》，上海辞书岀版社，2006年10月，第129～134页；全文收入朿迪生、李肖、娜仁高娃主编《高昌社会变迁及宗教演变》，新疆人民出版社，2010年，223～237页。
《5至7世纪的高昌与丝绸之路》，张金龙主编《黎虎教授古稀纪念中国古代史论丛》，北京：世界知识岀版社，2006年11月，第639～644页
《明成化弘治年间土鲁番侵夺哈密与明朝对策》，朱玉麒主编《西域文史》第1辑，北京：科学出版社，2006年，第155～167页
《< 明史·许进传>纠误一则》，《中国史研究》2006年第4期，第116页
《明代哈密与中原地区的经济交往——以贡赐贸易为中心》，《西域研究》2007年第1期，第18～27页；又全文收入中国人民大学复印报刊资料《明清史》2007年第5期，第48～55页；又全文收入哈密东天山古伊州文化研究院编《2009年东天山文化研究》，新疆人民出版社，2009年，第95～106页。
《明代及清初哈密卫部众演进考述》，《新疆社会科学》2007年第5期，第98～104页
《明代哈密卫部众渊源考》，余太山、李锦绣主编《欧亚学刊》第8辑，北京：中华书局，2008年，第215～223页
《关于明永乐初年哈密的两个问题》，《西域研究》2009年第2期，第21～27页；
《明嘉靖初期朋党之争与置哈密不问》，余太山、李锦绣主编《欧亚学刊》第9辑，北京：中华书局，2009年，第215～223页；
《兴复哈密与明正统朝朋党之争》，《吐鲁番学研究——第三界吐鲁番学国际学术研讨会论文集》，上海：上海古籍岀版社，2010年5月，第502～508页。
《吐鲁番学》，卞孝萱、胡阿才、刘进宝主编《新国学三十讲》，南京：凤凰出版社，2011年1月，第634～659页；
《明代西北地缘政治之演变》，《人文杂志》2011年第2期，第148～153页；
《< 明史·西域传>正误二则》，《元史及民族与边疆研究集刊》第27辑，上海古籍出版社，2014年，第208～210页。
《黄烈先生之史学研究与整理黄文弼西北史地研究之成果》，荣新江、朱玉麒编《西域考古·史地·语言研究新视野：黄文弼与中瑞西北科学考察团国际学术研讨会论文集》，北京：科学出版社，2014年，第267～276页。
《丝绸之路上汉文化》，载刘进宝主编《丝路文明》第一辑，浙江大学出版社，2016年；
《史源学方法的价值——以清代伊犁惠远城建城时间为例》，《西域研究》2021年第2期，第134～139页。
